本书主要使用文化人类学的方法，结合使用民族学、语言学、社会学、历史学、文化学以及考古学等学科的方法，综合研究水书与水族社会。
本书的主要目的，不是试图解释水书的数术及其内在逻辑结构，也不是试图解释其民间信仰或者宗教含义，而是重在通过水书与水族社会互证，来认识水书、认识水族社会，以期深入理解水书、水族及其民族社会历史文化意蕴。
本书以贵州省荔波县老水书先生欧海金的家传手抄本《陆道根原》（即《亥子丑卷》，现藏于贵州省荔波县档案馆。简称欧本）为底本，同时着重参考了姚福祥先生生前手写的《水族古书·亥子丑卷》稿本（现藏于贵州省荔波县档案馆。简称姚本）。但由于下条所述的原因，本书正文主要依照姚本，书末附录有欧本影印件，以展示欧本原貌。