第二版基本保持第一版的格局,增加了“感染免疫与疫苗”一章作为新的第十章(第一、三、四、五节王洪海;第二节朱乃硕),通过这一章来展示机体对不同感染原的免疫特性及作为免疫预防和治疗的重要手段——疫苗的最新发展。将原来的第十,第十一,第十二章依次改为第十一,十二,十三章。对于全书各章节的内容进行了必要的增删,例如第二章抗原中删去了“侵染性抗原”一节,增加了“抗原组学”的内容;第七章调整了原来的内容和图表,增加了一些新的实验方法。第九章增补了一些新的细胞介素对免疫调节的作用。第十三章增加了第一节“基因组免疫系统与进化”,第二节改为“自然免疫的进化”,除了包含原来的第一节的内容外还增加了新的模式识别受体的内容。全书的修改力求体现免疫学科的最新研究成果。为了方便读者了解免疫学重大发现的来历,特增加了该领域一些诺贝尔奖获奖者的简介,放在有关章节后面,以求方便教学和自学阅读。