本书的体例,分明、清两个单元。每一个单元又分国宝、御书钤用诸玺、后妃宝玺、皇帝升袝庙号谥号册宝及附录诸部分。由于故宫收藏的明清两代帝后宝玺数量和内容不同,两单元诸部分中简繁不一。明代部分从简,皇帝御书钤用诸玺仅分宫殿名玺、赞颂天道勤求治理祝语玺、道篆青词钤用诸玺及佛菩萨图形三部分,其他部分不分细目。清代宝玺由于数量较多,分目从繁。清代皇帝御书钤用诸玺,下分宫殿名玺和康熙、雍正、乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同冶、光绪、宣统诸玺十个细目;后妃宝玺中,分尊号诸宝、徽号册宝、御书钤用诸玺三个细目;帝后升袝庙号谥号册宝中,又分皇帝和皇后两个细目,清比明繁,可以更清晰反映清代帝后宝玺的概况。又,明代铁券和清代符牌,虽然不是皇帝宝玺,但它具有皇帝宝玺符证的作用,自古即有符玺连称之说,人所共识,所以收入本书,惟作为附录,以供学人参考。