《本草崇原》为张志聪晚年之作，是历史上第一部注释《神农本草经》的药学专著。
全书共分三卷，按《本经》三品分类法，将药物分为上、中、下三品，各一卷。每种药物大致先《本经》内容：药名、性味、主治、应用等，次为注文。注文中又有小字注和大字注之分。小字注文内容主要是药品的别名、产地、形态、品质、真伪等，其中多有考证和发挥，对于易混药物的形态描述及辨别真伪的论述，比较详备。大字注文主要内容为阐发《本经》药物的性味、功能主治等。这对于读者理解《本经》原文很有帮助。由于《本经》年代久远，今人欲顺利读懂原文，掌握其原则精神，已成难事。而张氏的阐释，正是解决这一难题的桥梁。