有感于自晋唐以来医家对伤寒的研究较为详尽,而在温病方面的研究却很少,对方剂的应用又往往局限于经方,并且偏好温补,以致温疫流行,医生有的束手无策,有的误治害人,造成无辜死亡者不计其数,于是吴瑭在大量临证基础上,采集编辑历代名贤的著述,去其糟粕,取其精华,其间再加上自己的体会,以及临床的经验,前后花了六年时间,撰成《温病条辨》。该书在疫病又一次将到来之前出版,流传于世。此书是吴瑭的代表著作,是论述温病的专著,兼论产后小儿部分病证,共六卷,计立法265条,附方208首。该书以三焦为纲领,病名为目,分别论述了温热、暑病、湿病、秋燥以及疟、痢、疸、痹等证治。