《医学发明》所论以《黄帝内经》为宗，重点论述五脏疾病的证治。除了淳淳于“人以胃气为本”之外，对于虚损之用补肾益精，肺虚寒饮之用益气温肺化饮等等，亦多所阐发。东垣著名的“中风论”即见于本书：“中风者，非外来风邪。乃本气病也。凡人年逾四旬，气衰之际，或忧喜忿怒，伤其气者，多有此病。壮岁之时无有也，若肥盛则间有之，亦形盛气衰如此。"全书列方73首。比较全面地反映了东垣的学术成就。
《活法机要》之成书，据《中国医籍考》载：“（东垣）著作甚多，惟有《药用珍珠囊》、《脾胃论》……《五经活法机要》、《兰室秘藏》……等书刊行。”任应秋氏在《中医各家学说》东垣所著书目中亦列出《活法机要》一书。是书列临证20门，涉及内、外、妇、眼、皮肤各科。对病因、病机、症状鉴别作了详细论述，对疾病的轻重缓急，用方加减，引经配伍亦有交代，体现了立法定方之“圆机活法”。