本书汇集了生命科学领域众多的知名专家和学者，他们根据各自研究成果，认真地给出了一系列全面而翔实的DNA微阵列实验方案。书中每个方案不仅含有实验的背景知识以及具体的操作内容，此外还提供了大量的信息栏和疑难问题解答，以帮助读者理解实验原理和进行正确的实验操作。全书内容新颖、图文并茂，兼顾了基础理论和应用实验技术，因而不仅仅是一本有价值的实验手册，同时也是了解和学习DNA微阵列技术的不可多得的、权威性的参考书。

DNA微阵列技术是一项能够分析基因组、基因表达特征性图谱的新技术。目前，DNA微阵列技术已被植物、动物和生物医学等领域广泛应用，本书内容全面、实验步骤翔实，集合了诸多前沿领域专家的理论知识和实践经验。本书不但提供了权威而详细的有关DNA微阵列设计、构造和应用的知识，同时还详尽地阐述了软件工具的应用和数据分析要求，是一本非常实用的工具书。

本书可供从事生物芯片研究开发以及生物信息学、分子生物学、生物技术等相关领域的教学科研人员和技术人员参考使用。

译者序

原著序

前言

原著作者名单

第1章 点样微阵列探针的生成

 导言

 方案

 1.cDNA克隆集的复制和储存

·附加方案：使用冷冻菌种

 2.来自细菌克隆集探针的PCR扩增

·可选方案：作为扩增模板的质粒DNA的制备

 3.PCR产物的纯化

·可选方案：用乙醇沉淀法纯化扩增产物

 4.PCR产物的观察和评估

·附加方案：用PicoGreen进行定量

 5.点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存

 6.从酵母中分离和扩增用于阵列的材料

信息栏

 克隆集

 点样微阵列中使用的对照

 基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测

 长链寡核苷酸的点样：替代用于表达分析的cDNA阵列

 酵母探针

参考文献

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第2章 玻璃微阵列的点样

 导言

 方案

 1.制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片

 2.在玻片上点样

 3.检查印刷玻片的质量

·替代方案：利用标记的引物杂交

 4.鹅毛笔针的保养与清洗

信息栏

 微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针

 用于点样的基底

参考文献

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第3章 RNA的表达分析

 导言

PART Ⅰ RNA分离

 导言

 方案

 1.来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化

·替代方案：从OCT包埋的病理样品中提取RNA

 2.用FastPrep仪器从组织中分离总RNA

 3.用TRIzol从植物组织中分离总RNA

 4.松树方法分离植物RNA

 5.用FastTrack分离poly（A）＋RNA

 6.分离膜结合的多核糖体RNA

 7.用批量制备色谱法分离poly（A）＋RNA

 8.用CsCl溶液超速离心分离RNA

 9.酵母总RNA的纯化

·替代方案：用锁相胶纯化RNA

 10.E.coli RNA的纯化

 11.从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA

·替代方案：组织切片中RNA的原位转录

·附加方案：切片的吖啶橙染色

 12.RNA通用参考集

PART Ⅱ 标记和杂交

 导言

 方案

 13.用反转录酶进行cDNA第一链的荧光标记

·替代方案：荧光标记的cDNA的纯化和浓缩（Microcon YM-30）

 14.用氨基烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记

 15.用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增

·附加方案：标记aRNA

 16.用于表达分析的少量mRNA的扩增

 17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA

·替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA

 18.用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交

·附加方案：生物素化cRNA的片段化

 19.未掺入的Cy染料的回收：使用HPLC重新纯化

 20.杂交和杂交后洗涤

·附加方案：微阵列玻片的叠放

疑难解答指南

信息栏

 Alexa染料

 细菌微阵列

 用酚抽提蛋白质和DNA

 甲酰胺

 采用胍盐抽提RNA

 动物细胞及组织的匀浆

 抑制RNase

 哺乳动物、植物和细菌的RNA

 测量DNA染料标记的效率

 鼠白血病病毒反转录酶

 oligo-（dT）纤维素

 RNA的定量

 RNA操作的特别注意事项

 RNA的保存和回收

参考文献

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第4章 膜点样cDNA阵列

 导言

PART Ⅰ 膜阵列的制备和杂交

 方案

 1.膜阵列的点样

 2.RNA的制备和标记

 3.靶分子与膜阵列的杂交

·附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用

PARTⅡ 数据的分析和解释

参考文献

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第5章 组织显微切割

 导言

PART Ⅰ 徒手显微切割和激光俘获显微切割

 导言

 方案

 1.徒手显微切割

·替代方案：冰冻组织样品的显微切割

 2.激光俘获显微切割

 3.免疫-LCM

 4.应用于表达分析的显微切割组织的处理

PART Ⅱ 激光压力弹射

 导言

 方案

 5.准备载玻片用于为LMPC进行组织切片

 6.用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备

 7.用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备

 8.使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析

 9.使用液体盖玻片保护组织样品

 10.激光显微切割和弹射后活细胞的分离

参考文献

因特网资源

第6章 基因组微阵列分析

 导言

PART Ⅰ 微阵列检测DNA拷贝数

 导言

 方案

 1.cDNA微阵列比较基因组杂交

 2.制备BAC DNA用于通过连接介导PCR进行CGH

 3.BAC 基因组微阵列CGH

 4.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：靶DNA制备

 5.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：玻片制备及杂交

PART Ⅱ 突变检测及SNP基因分型

 导言

 方案

 6.SBE-标签阵列用于SNP基因分型

·替代方案：为SBE进行多重扩增反应

 7.Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型

 8.高密度微阵列用于序列变异检测

 9.SNP阵列用于杂合性缺失分析

PART Ⅲ 基于微阵列的DNA-蛋白质相互作用检测：微阵列上的染色质免疫沉淀

 导言

 方案

 10.应用阵列对酵母基因组上DNA-蛋白质相互作用作图

 11.酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图：DNA扩增及标记

PART Ⅳ SNP序列：作图数据

·表6-7 多重引物集合：SNP作图数据

·表6-8 Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置

参考文献

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第7章 基因芯片生物信息学简介

 导言

PART Ⅰ 微阵列表达实验的设计

PART Ⅱ 图像分析

PART Ⅲ 标准化

PART Ⅳ 芯片数据的表示和评价

PART Ⅴ LIMS、数据库和数据管理

PART Ⅵ 聚类分析与显示

PART Ⅶ 多维尺度法和自组织图

信息栏

 基因注释

 在研究人员之间共享微阵列数据

参考文献

因特网资源

第8章 组织微阵列

 导言

 方案

 1.制备组织微阵列

·附加方案：手工制备组织阵列

 2.应用组织阵列进行原位杂交

 3.组织阵列上的免疫组织化学

·替代方案：抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化

参考文献

因特网资源

附录

 附录1 构建全长基因文库

 附录2 试剂、缓冲液和培养基

 附录3 注意事项

 附录4 供应商

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