(三)近代万松书院的衰败
近代以来，西方列强入侵中国，民族危机深重。满清王朝一味妥协投降，与列强签订了一系列丧权辱国的割地赔款条约，使中国完全沦为半殖民地半封建社会。维新人士认为中国积弱的原因在于教育不良、学术落后，书院的教育模式已经不再适应现实社会的需要，要救亡图存就必须改革教育。于是，废除旧的教育制度成为当时举国上下的一致要求。万松书院作为旧的教育体制中的典范，与所有的书院一样在这场变革中终结了自己的历史使命。
其时，也曾有多位地方官重修万松书院，补植松树，恢复一些主体建筑，试图再现“康乾盛世”时的繁荣。但是，种种或自然或人为的因素，仍使万松书院形同虚设，终于逐渐荒废、倒圮。
光绪年间(1875一1908)，浙江巡抚叶赫崧骏、布政使刘树堂因杭城四大书院中只有万松书院(时为敷文书院)仍旧荒废，终觉遗憾，时时计划重建。但是，随着历史的变迁、杭州城市的转移，万松岭一带地僻人稀，在那里办学已有诸多不便，甚至“日用所需，动形窒碍”。再则，书院若要复建至原来的规模，非有一笔巨额资金不可。叶赫崧骏、刘树堂商议再三后，决定将书院迁至城内。在此之前，他们用了三年时间筹集迁徙资金。
光绪十八年(1892)，杭城乡绅、“忏卷楼”主人丁丙在葵巷物色到一处适宜办学的民居——沈宅。屋主沈氏从任地广东回杭州后定居于此。自从他唯一的儿子死后，因家中屋大人少，而倍感孤寂，早有将此屋出售之意。但苦于位置偏僻，少有人问津。经丁丙的推荐，叶赫崧骏、刘树堂都认为沈宅虽位于城中静僻处，但正适宜“书院弦诵”，是理想的办学之地。于是，即以时价购入，并派丁丙督工改建，工程历时近半年。书院建成后，正值叶赫崧骏进京觐见皇上，遂请光绪帝赐名，称“敷文讲学之庐”，以区别万松岭上的敷文书院。
敷文讲学之庐中间设讲堂，名为“正谊”，取康熙帝“正谊明道，养士求贤”之意。中楹供奉并祭祀孔子、四配、十二哲神位。右楹为名宦讲堂，其后为山长居舍。书院内设有四间学斋，分别名为“颜乐”、“曾唯”、“居仁”、“由义”。另有藏书楼、游息轩、毓秀轩等建筑。敷文讲学之庐的规模虽不能与敷文书院相比，但其祭祀、讲学、藏书三大功能一应俱全，不仅花木掩映、环境幽雅，连吃、住等生活细节都有妥帖安排。敷文讲学之庐规定住院额数为每院36人，学生可以自由参加会试。
由叶赫崧骏撰文、刘树堂书写的《新建敷文讲学之庐记》详细记录了万松书院由万松岭迁至葵巷的全过程，并勒石以记。现此碑尚存于杭州市第七中学内，只是略有残损。刘树堂在敷文书院崖壁上也记录了这一史实。
敷文书院则按旧样稍作修缮，四周建起围墙，派专人看管，作为供人凭吊的古迹加以保存。但因偏僻，时常有“借地堆物、招人栖止、厝棺盗葬、争伐枯木”的情况发生，管理难度极大。光绪二十年(1894)二月二十四日，浙江巡抚刘为特立碑示众，但收效依然不大，日复一日，书院旧址终成荒芜之地。
光绪二十四年(1898)五月二十二日，光绪帝颁发“改书院为学校”的圣旨，规定所有书院“一律改为兼习中学、西学之学校”。敷文讲学之庐停办。
1901年，由杭州籍上海民族资本家胡乃麟出资，存葵巷敷文讲学之庐旧址上创办了浙江省第一所私立中学——安定中学。1955年，这所私立的安定中学正式由杭州市人民政府接办，改名为杭州市第七中学。
(四)现代万松书院的复兴
1999年起，在原杭州市副市长马时雍先生等热心于杭州历史文化遗产保护的社会各界人士的呼吁下，杭州市政府决定依据史料记载和留存的遗迹，按照修旧如旧的原则，在遗址上按明式旧制重建万松书院。经过杭州市园林文物局凤凰山管理处3年多时间的整修和建设，万松书院于2002年10月建成并向游人开放。至此，沉寂了一个多世纪、几近荒圮的万松书院终又重现500年前的‘名校”风采。
重建后的万松书院，占地约6万平方米，是西湖周围唯一以书院文化为主体的文化公园。书院的主体建筑以清乾隆《南巡胜迹图》中的《敷文书院》为蓝本，以自然山体、林木、古藤、奇石为背景，采用中轴对称、纵深多进的院落形式，仿明式建筑形制，用粉墙、粟柱、黛瓦的素朴淡雅，凸现“求之于心而无假以雕饰”的风格，使书院处处散发出浓浓的书卷气息。院内有建筑1600平方米，主体建筑如品字型牌坊、仰圣门、毓粹门、明道堂、大成殿、“万世师表”平台等都集中在中轴线上，学斋、御碑亭等分列两侧，其他的亭台楼阁则依据自然山势，星罗点缀。书院内嘉花茂树，修篁奇石，交布其问，周围苍松掩映，小溪潺潺，远可观雷峰夕照、宝石流霞，近可听松涛泉流、虫鸟和韵。院内尚有浙江省省级文物保护单位——于子三墓、杭州市市级文物保护单位万松书院遗址、小九华山石刻等文物古迹，文化底蕴深厚，文化氛围浓郁。
为了使万松书院完整地再现古代书院必备的藏书、祭祀、讲学三大功能，让游人对古代书院的教育形式有更直观、更清晰的认识，2004年，杭州市政府又投资增建讲堂——正谊堂及部分服务配套设施，并于2004年10月1日向游人开放。该建筑和室内陈设风格与原有建筑一脉相承，既完整地展现了古代书院的风貌，又满足了现代旅游业的实际需求。
作为一个向游人开放的收费公园，重建后的万松书院设置了一明一暗、一实一虚两条文化主线：明为“明清知名学府”、暗为“梁祝爱情之地”，中轴线上以古代书院的布局为实景，而在右侧石林中又依自然地势巧妙点缀与“梁祝”十八相送有关的场景，如观音堂、草桥亭、独木桥等等，让美丽的传说为肃穆的书院增添更多的人文情怀，同时让虚无的故事也有了真实的场景可以寻找。
为了使这两个文化主题得以进一步弘扬，自2002年10月开放以来，万松书院借助社会各界的力量，努力做好“成人’、“成家”这两篇文章。所谓“成人”，即学习中国传统的儒学文化，以书院为学习场所，从古圣先贤的经典著作中学习做人的准则，延伸产物为“万松讲堂”。所谓“成家”，即是从“梁祝”爱情故事中派生出来的找寻意中人，成家立业的意思，延伸产物为“万松书院相亲会”。
自2005年与温馨家庭服务社共同开办“万松书院相亲会”以来，万松书院以公益红娘的姿态，每周六上午为杭州人提供相亲平台，受到越来越多人的关注和参与。境内外媒体争相报道，万松书院由此名声大振。但“万松书院相亲会”犹如一把双刃剑，一方面大大提升了景区的知名度和美誉度，然而另一方面也使很多人只要一提起万松书院，就认为是相亲的地方，却鲜有人知晓这里曾是浙江省的最高学府。为此，书院也采取了_一系列的补救措施。2007年2月26日，万松书院与浙江青年时报、浙江省对外服务公司国际教育培训中心合作，共建“万松讲堂”，力邀著名学者、北京师范大学于丹教授举办“儒道相济——构筑人格两岸”主题讲座，为“万松讲堂”拉开序幕。同年3月，又请台湾著名女作家曹又方开办《一个女作家眼里的城市生活品质》主题讲座。同时，开办了诸如阳光读书会等主题活动，努力扭转万松书院在公众心目中的形象。几次活动获得社会各界的热烈反响，特别是学术界的人士，都认为万松书院是杭州最适合开办国学文化课的场所。很多学者表示只要是为传播中国传统文化来办学，即使免费授课也愿意；有的甚至表示：能在王阳明先生授课过的地方来开堂讲课，其实是种荣耀。但苦于基础设施的局限，万松讲堂并未成为一种常态出现在人们的生活中。
但这并不影响万松书院成为越来越多人喜爱的景点。2007年10月，在杭州市政府推出的“三评西湖十景”活动中，万松书院凭借其浓郁的文化氛围、动人的梁祝爱情传说以及独具一格的亲和力，在专家、游客、市民的共同推荐下，从145处参选景点中脱颖而出，以“万松书缘”之名位列新十景。在历年的杭州市最佳公园的评比中，万松书院一直名列前茅，2005年更是被授予年度“最佳公园”称号，2006年被列为“双最”免检公园，2007年被授予“双最”示范窗口。
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