《甲午日谍秘史》以近代日本的早期对华谍报活动、甲午日谍第一案、江浙日谍案中案、旅顺后路日谍案等内容为重要线索，对日本间谍在甲午战前及战争中的活动进行揭露和分析，明确这场侵略战争对中国人民造成了严重伤害，完全是非正义的，因此对这场侵略战争中的日本间谍，应该予以严正的批判和谴责。

第一章 近代日本的早期对华谍报活动
第一节 “征韩论”与日本遣华第一谍
第二节 “征台”先遣队
第三节 神秘的使者——日本驻华武官
第二章 中法战争与日本侵华谋略谍报活动
第一节 趁火打劫正其时
第二节 庐山轩照相馆
第三节 创办上海东洋学馆
第三章 汉口乐善堂揭秘
第一节 荒尾精的“兴亚”思想
第二节 汉口乐善堂的筹办经过
第三节 乐善堂汉口支店挂牌开张
第四节 “四百余州探险”（之一）
第五节 “四百余州探险”（之二）
第六节 “四百余州探险”（之三）
第七节 撩开日清贸易研究所的面纱
第四章 日本间谍与对华“作战构想”的出笼和实施
第一节 日本参谋本部陆军部提出《清国征讨方略》
第二节 日本海军六种“征清”方策的发现
第三节 为实施对华“作战构想”而准备
第四节 在邀请北洋舰队访日的背后
第五节 甲午开战前的最后准备
第五章 日本谋略谍报的重中之重
第一节 宗方小太郎两探威海
第二节 日谍天津密会与宗方小太郎重返烟台
第三节 力争海上主动权
第四节 从《中国大势之倾向》到《对华迩言》
第六章 甲午日谍第一案
第一节 一起意外的涉外事件
第二节 石川伍一其人及其落网经过
第三节 京官奏参与石川案的审结
第四节 石川案之余波与《石川伍一供词》的真伪问题
第五节 石川案与日本丰岛袭击有关吗
第六节 从石川案看京城日谍嫌疑案的处理
第七章 江浙日谍案中案
第一节 关东谍踪
第二节 上海租界里的日本“商人”
第三节 盂兰盆会假僧遇真僧
第四节 江浙日谍案中案的审结
第八章 旅顺后路日谍案
第一节 六日谍登陆花园口
第二节 “三崎”命丧金州
第三节 猪田正吉、大熊鹏失踪之谜
第四节 向野坚一普兰店脱网逃生