1909年，宝隆医师因病逝世，为纪念其创造同济的不朽功绩，将“同济医院”更名为“宝隆医院”(1945年改称中美医院)。
工学院诞生和机师科的成立(1910-1915)
1910年，德国帝国主义为进一步实行对华经济文化侵略由其在华的工商业界发起组织所谓“建设中国工业学校促成会”，由首席枢密顾问费秀(Fischer)在德国筹得巨款，决定先在上海设立工业学校，是为本校工学院的发轫，为了便于发展，与原有的德文医学校合并，称为“同济医工学堂”。
1911年，克伦皇家机械学校教授贝伦子(Prof．Dipl．Ing．Berrens)由德国商部“推荐”来华主持工业学校校政，并带来大批德国名厂赠送的机械仪器(约值廿万马克)和经费，由汉堡商轮公司义务运抵上海，1912年6月开始授课。
因为工科的添设，学校充满了兴奋蓬勃的气氛，扩充了原有的德文科，聘请了不少新教员，同时创设了化学实验室，学校在不断充实与改进中。到了1915年，除医科已为德国教育当局承认外，工科方面也增设了机电土木两科，现在高职前身的机师科也是在这年内设立的(修业年限为四年)，又承上海商绅的资助，新建宿舍，规模日大。
第一次灾难和学校的新发展(1917-1926)
欧战爆发后，由于德法帝国主义间的仇恨，使同济遭受到第一次厄运，1917年中德断绝邦交，是年3月17日学校被法国巡捕房所封闭，强迫教员学生离校，同学愤激异常，但在帝国主义威胁之下，只好忍辱迁居旅馆内，但没有一人离开学校，在“同舟共济”的精神下，坚决和恶劣环境斗争，并推选代表赴北京请愿，法帝的迫害引起社会的普遍同情，在各方协助下暂时租借民房供同学住宿。
不久，经校董会和江苏省教育联合会以及全体师生的奔走呼吁，在黄炎培、沈恩孚、袁希涛等先生的维护下，与当时教部派来的沈彭年先生商讨之后，为了适应环境，除较重大的事情仍由校董会主持外，学校行政权遂由德人手中转归国人经掌了。同时奉教部训令改名为“私立同济医工专门学校”，聘阮尚介先生为第一任校长，经过这一次重大的转变，学校反而奠定了新的基础。
原有校址既为法人封闭，幸得张嘉森先生介绍，租得吴淞中国公学旧址及海军学校的一部分，乃得继续开学，仅医科仍留宝隆医院，其他各科迁入吴淞新址。吴淞为我国江防要塞，交通便利，风景幽美，学校在新的环境中树立了新的基础，学生人数年有增加，到1919年，所租校舍已不够分配，而原来屋主催迁甚急，因此教育部令江苏省财政厅拨款兴建新校舍，历时三年始告落成。同学迁居新校舍后，环境更加幽美安适，学习风气日增。1923年改名“同济德文医工大学”，将德文科扩充为中学部，另设德文补习班，机师科改称“附设中等机械科”，不久又改称“附设机师学校”，即今日附设高级职业学校的胚体。医学院新建的解剖学研究馆，也宣告完成。这时行政权操诸校董会，经费则完全由江苏省国税项下拨付。此外，本校工科也获得德国教育当局的承认。
1925年“五卅”惨案发生，本校同学奋起反抗，从吴淞赶人城内参加游行宣传，在英帝国主义横蛮的枪击下，机师科同学尹景伊君壮烈牺牲，医预科同学陈宝骢等受伤人院。
从改国立到废科设院(1927—1930)
战争带给同济又一次灾害，1927年春天，国民革命军与孙传芳之战蔓延到淞沪一带，争夺吴淞要塞一役，学校四周都成了战场，幸孙部不久败退，地方秩序不久后就恢复了。3月，阮校长辞职，一时学校主持乏人，于是由本国籍教授学生组织临时校务维持会，推举数学教授夏元为主席。4月，上海政治分会任命许程琦、孟心如两先生主持校政。8月，政府任命张仲苏先生为校长，并得当时教育部长蔡元培的支持，改名“国立同济大学”，从该年暑假起开始招收女生。
同年10月30日，工科创办人贝伦子教授病逝，全校师生沉痛追悼。
此后，学校在安定的环境中又复走到建设扩充的道路上去，1928年5月举行盛大的廿周年纪念会，参加典礼者多达数千人，极一时之盛，同济的完善设备与敦厚朴实的风气更为社会所注目。翌年3月，张群长校，不久因调任上海市市长辞职；教部令胡庶华先生继任校长，胡校长朝夕辛勤，力求发展，在他的精密策划下，学校又迅速地向前迈进；化学材料试验及高压试验室都先后完成。附中校舍在德国人赞助下，开始兴建，医学院也在解剖馆的旁边建起了一座新的生理学馆。
1930年，遵照大学组织法，医工两科改设院，为了配合实际需要开始筹设理学院。
第二次灾难和鼎盛时期(1931-1936)
1931年，日寇制造“九一八”事变，全国掀起了反帝国主义侵略的热潮，本校同学怒吼了，高举起反抗的大旗。次年，“一·二八”淞沪战起，学校又遭受到一次大的灾害，敌人的炮火摧毁了伟大的校舍，3月初日寇攻占吴淞炮台，当时交通阻塞，本校各种重要设备无法迁运，以致流弹所及，断壁危楼，户穴洞穿，损失甚大。
日寇侵入淞沪时，本校曾在上海巨籁达路民生坊租屋上课，淞沪协定成立后，由朱家骅氏帮助，使被毁的校舍很快修复，8月重返吴淞，如期开课。此时，胡校长因调长湖南大学，由翁之龙先生继任。P2-5