本教材是按照教育部制定的基本教学要求，以5年制医学本科为主，以临床医学专业为重点对象，兼顾预防、基础、口腔、麻醉、影像、药学、检验、护理等专业的需求，同时满足学生毕业后执业医师资格考试和硕士学位研究生入学考试的基本要求进行编写的，内容上突出基本理论、基本知识和基本技能。
在结构编排上，根据本学科的基本要求和教学规律，总论部分仍然按照细菌学、病毒学、真菌学和其他微生物介绍三大类微生物的生物学性状、致病性与免疫性、微生物学检查和防治原则，以维持医学微生物学学科的完整性，并保证学生学习的系统性。各论部分则打破生物学的归属关系，主要病原微生物按照传播途径及致病特点分类介绍，加强了各种微生物之间的联系，使学生对临床感染性疾病的病因有一个全面的认识，以利于学生进行综合性思考。同时在每章均附有临床案例及提示，以密切联系医学实际，既为学生学习后续课程打下基础，又为今后的临床实践提供了指南。