本书是一本很好的引路书。书中首先对系统生物学的意义给出了明确的回答，并且阐述了系统生物学研究需要开展的工作及其所采用的技术；之后围绕系统生物学的五个中心主题展开：先进的测量系统、基于实验数据的基因和代谢网络的反向工程、建模和仿真软件、细胞仿真和系统水平的分析。本书汇集了有关系统生物学研究的代表性文章和研究实例，对于新的研究人员，其设想、概念和基本思想都是非常有价值的启发。

本书是现代意义上系统生物学的开山之作，堪称该领域的经典图书!

对于系统生物学的初学者而言，本书是一本很好的引路书。书中首先对系统生物学的意义给出了明确的回答，并且阐述了系统生物学研究需要开展的工作及其所采用的技术；之后围绕系统生物学的五个中心主题展开：先进的测量系统、基于实验数据的基因和代谢网络的反向工程、建模和仿真软件、细胞仿真和系统水平的分析。

阅读了这本书，会对系统生物学的起源和发展有一个非常清楚的了解，对于一个新兴的学科而言，这一点是非常重要的。作为世界上第一本有关系统生物学的图书，本书汇集了有关系统生物学研究的代表性文章和研究实例，对于新的研究人员，其设想、概念和基本思想都是非常有价值的启发。

第1章 系统生物学：从系统水平认识生物系统

1.1引言

1.2测量技术与实验方法

1.2.1全面测量

1.2.2系统生物学测量

1.2.3下一代实验系统

1.3系统结构鉴定

1.3.1自下而上的方法

1.3.2自上而下的方法

1.4系统行为分析

1.4.1仿真

1.4.2分析方法

1.5生物学系统的鲁棒性

1.5.1来自复杂工程系统的经验

1.5.2控制

1.5.3冗余

1.5.4模块化设计

1.5.5结构稳定性

1.6系统组计划

1.7系统生物学的影响

1.8结论

参考文献

第Ⅰ部分 先进测量系统

第2章 四维显微方法自动化获取细胞系及线虫早期胚胎形成分析

2.1引言

2.2线虫

2.3细胞系及应用

2.4细胞系分析产生的历史

2.5自动化获取细胞系

2.6自动化获取细胞系系统的优点

2.7细胞系获取系统的展望

2.8系统化的细胞系分析

2.9线虫的计算机仿真

2.10结论

参考文献

第Ⅱ部分 基因表达数据的反向工程和数据挖掘

第3章 基于DBRF方法从大规模稳态基因表达数据推测基因网络

3.1引言

3.2基于差异表达调控识别方法

3.2.1推测冗余基因调控网络

3.2.2推测精简的基因调控网络

3.3计算实验

3.3.1网络模型

3.3.2DBRF方法性能

3.3.3比较连续和二元状态值

3.3.4与Predictor方法比较

3.4应用于酵母基因表达数据

3.5讨论

3.5.1算法

3.5.2用连续数据的好处

3.5.3DBRF和Predictor

3.5.4应用于酵母基因表达数据

3.6结论

参考文献

第4章 与癌症相关的基因表达矩阵分析

4.1引言

4.2分离器

4.3噪声数据中分离器的识别

4.3.1遗传算法

4.3.2基因的自动识别方法

4.3.3从基因表达矩阵提取的分离器的统计学验证

4.3.4生成模型

4.3.5基于随机化的生成模型

4.3.6基于生成模型的互信息

4.3.7生成算法

参考文献

第5章 利用遗传规则实现从观测数据到代谢通路的自动反向工程

5.1引言

5.2例证问题叙述

5.3遗传规划方法的背景介绍

5.4化学反应网络的表示方法

5.4.1函数集

5.4.2元素集

5.4.3限定的句法结构

5.4.4例子

5.5准备工作

5.5.1程序结构

5.5.2函数集

5.5.3元素集

5.5.4适切性测量

5.5.5运行时参数控制

5.5.6终止

5.5.7并行计算机系统上的执行

5.6结果

5.7结论

5.8未来的工作

5.8.1改进的程序树表达方式

5.8.2需要数据的最小数目

5.8.3使用该方法的时机

5.8.4设计其他代谢通路

参考文献

第Ⅲ部分建模和仿真软件

第6章 ERATO系统生物学工作平台：多尺度与多理论的系统生物学仿真集成环境

6.1引言

6.1.1项目动机

6.2系统生物学标记语言

6.2.1语言形式

6.2.2与其他项目的关系

6.3系统生物学工作平台

6.3.1驱动原则

6.3.2平台整体结构

6.3.3可扩展框架方法的优点

6.3.4使用Java的动机

6.4总结与现状

6.4.1实用性

6.4.2未来计划

参考文献95

第7章 信号转导自动模型的生成及在MAP激酶途径中的应用

7.1引言

7.2自动模型生成

7.2.1细胞仿真的标准形式

7.2.2实现

7.3含支架蛋白的MAPK途径：实验背景

7.4含支架蛋白的MAPK途径：结果

7.5讨论及未来方向

参考文献

第8章 功能基因组学数据的大型生物系统建模：参数估计

8.1引言

8.2生化动力学仿真

8.3最优化参数估计

8.4简单系统的逆向工程

8.5讨论

参考文献

第Ⅳ部分 细 胞 仿 真

第9章 迈向虚拟生物实验室

9.1引言

9.2模块化建模概念

9.2.1对代谢和细胞调控的一般性思考

9.2.2功能单元的识别和表示

9.3虚拟生物实验室：概要

9.4举例：大肠杆菌的代谢副产物抑制

9.5举例：芽殖酵母的细胞周期调控

9.6结论

参考文献

第10章 计算细胞生物学——随机方法

10.1引言

10.2细胞过程的随机仿真

10.3细菌趋化现象建模

10.4STOCHSIM的算法说明

10.5与GILLESPIE算法的比较

10.6STOCHSIM的空间扩展

10.6.1具有“构象传播”的细胞趋化模型

10.7未来的方向

参考文献

第11章 细胞的计算机仿真：人体红细胞模型及其应用

11.1引言

11.2细胞过程的仿真算法

11.3代谢过程的仿真

11.3.1仿真模型的稳定性：渗透压对细胞体积和代谢的作用

11.3.2G6PD的缺乏和动态平衡的仿真

11.4信号转导途径和基因表达调控网络的仿真

11.5全细胞的仿真

11.6结论

参考文献

第Ⅴ部分系统水平分析

第12章 构建生物信号转导途径的数学模型：鲁棒性分析

12.1引言

12.2细菌趋化性中完全适应和积分反馈控制的鲁棒性

12.3光转导中的单光子响应和钙介导反馈的重现性

12.4结论

参考文献

第13章 动态平衡和信号转导中普遍存在的调节机制：双相响应调节与正反馈的结合

13.1引言

13.2双相调节——正反馈偶联理论

13.3生物学中的双相调节与正反馈的结合

13.3.1结合蛋白质的TATA框和转录调控

13.3.2胞质内Ca2+浓度的调节

13.3.3MAPK浓度的调节

13.4讨论

13.5仿真

参考文献

第14章 Rho激酶途径和肌球蛋白轻链激酶途径在肌球蛋白轻链磷酸化中的不同作用：动力学仿真研究

14.1引言

14.2方法

14.2.1MLC磷酸化结构图

14.2.2动力学仿真

14.3结果与讨论

参考文献