粉碎“四人帮”后，邓小平同志重申和恢复毛泽东实事求是的思想路线，要我们完整准确地理解和把握毛泽东思想的科学体系，重新学习毛泽东同志的哲学著作。侯树栋著的《侯树栋自选集(精)/学习理论文库》主要是研究马克思主义哲学，毛泽东思想，邓小平理论和学习和全面贯彻“三个代表”重要思想的哲学著作。

第一部分

 树立科学的马克思主义观

 哲学上的一颗明珠

 永不凋谢的哲学之花

 矛盾分析方法的光辉典范

 发扬自觉能动性

 再读《实践论》和《矛盾论》

第二部分

 有中国特色社会主义理论的科学体系

 时代·体系·内容·方法

 邓小平理论的形成和发展

 当代中国的马克思主义哲学

 论解放思想

 邓小平方法论简论

 系统辩证法——邓小平辩证法的一个重要特征

第三部分

 历史地位整体理解辩证思考

 “三个代表”重要思想是一个科学体系

 深刻理解“三个代表”重要思想的科学内涵

 正确把握与时俱进、开拓创新的时代精神

 论马克思主义活的灵魂

 对“三个代表”重要思想的几点再思考

 新世纪新阶段的伟大行动纲领

第四部分

 命题·体系·观念

 当代中国的马克思主义军事理论

 探索新形势下治军特点和规律

 把军队思想政治建设提高到一个新水平

第五部分

 努力从工作方法上提高一步

 领导干部一定要讲政治

 增强政治意识，强化纪律观念

 当代中国的马克思主义领导理论

 学习江泽民领导思想，开拓领导工作新局面

 论以德治国方略

 关于领导方式、领导方法和领导科学建设问题