本教材采用模块化设计教材内容。全书分为微生物学基础、畜禽免疫学基础、微生物与畜禽养殖三大模块。微生物学基础模块包括非细胞型微生物、原核细胞型微生物、真核细胞型微生物、微生物的遗传和变异、微生物与物质循环以及动物病原微生物的感染机制。畜禽免疫学基础模块包括畜禽免疫系统、抗原、免疫应答、变态反应、抗感染免疫和免疫学技术及其应用。微生物与畜禽养殖包括微生物在养殖业中的分布、环境因素对微生物的影响、畜禽消化道微生物、微生物饲料、畜禽传染病生物防控以及微生物与畜禽养殖环境。
教材融入了教育部新农科理念。在编写过程中，广泛融入畜牧微生物理论和技术发展过程中沉淀下来的优秀文化和职业情操，培养学生良好的思想品德、法治意识和社会责任意识，促使学生依照动物保护相关法规和科学伦理道德等要求对动物进行科学的饲养管理。通过畜牧微生物相关技术提高畜禽养殖水平，培养学生深厚的“三农”情怀。
教材每章前设置了“本章导读”“学习目标”“概念网络图”栏目，有利于学生提前预习，章后设置了“本章小结”“拓展阅读”“思考与练习题”栏目，便于学生复习巩固和拓宽视野。教材适用于全国科研院校动物科学专业本科生和研究生。在使用本教材时，可结合实际情况对本教材内容进行合理选取。

绪论
第一篇 微生物学基础
第一章 非细胞型微生物
第一节 病毒的结构和分类
第二节 病毒的增殖和培养
第三节 噬菌体和亚病毒
第二章 原核细胞型微生物
第一节 细菌的结构和分类
第二节 细菌的生长和培养
第三节 其他原核细胞型微生物
第三章 真核细胞型微生物
第一节 真核细胞型微生物的细胞结构
第二节 真菌
第三节 藻类和原生动物
第四章 微生物的遗传和变异
第一节 微生物的遗传
第二节 微生物的变异
第三节 微生物基因转移和重组
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