《医学源流论》共收集评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药，下卷则治法、书论（并各科）、古今。纵横捭阖，触及之处，每有新见，发前人之未发，言常人所不敢言，尤针砭时弊甚多，论述道理深湛。此书颇多优选之论，例如作“治人必考其验否论”，指斥“今之医者，事事反此，惟记方数首，择时尚之药数种，不论何病何症，总以此塞责，他认为，“若医者能以此法(效验)自考，必成良医；病家以此法考医者，必不为庸医之所误。”是颇具‘实践检验”为标准之义。种人痘法本非传统，当时推行尚多阻力，徐氏却具真知灼见，指出有“九善”(九大好处)，作不遗余力之提倡。同时，本书配有原文诵读音频二维码，便于读者随时随地阅读学习。本书适合中医药院校学生、中医药从业者及广大中医药爱好者阅读。

卷上
元气存亡论
躯壳经络脏腑论
表里上下论
阴阳升降论
治病必分经络脏腑论
治病不必分经络脏腑论
肾藏精论
一脏一腑先绝论
君火相火论
诊脉决死生论
脉症轻重论
脉症与病相反论
中风论
臌膈论
寒热虚实真假论
内伤外感论
病情传变论
病同人异论
……