随着现代生物技术的进步和应用，以微生物为对象的研究方法和探索方向得到了广泛关注和发展。微生物的独特性质和多样性，如繁殖速度快、适应力强、代谢多样化，使其在生态学、医学、工业以及农业等领域发挥了重要作用。本书旨在介绍农田土壤微生物生态学的基础知识和实验技术，并提供关于土壤微生物群落研究的分析过程。
本书能够帮助读者建立对农田土壤微生物生态学的全面认识，并提供实践中所需的基础知识和技能。无论是从事相关研究的专业人士，还是对土壤微生物生态学感兴趣的学生，都能够从本书中获得有价值的参考和指导。

第一部分 农田土壤微生物生态学基础
第1章 农田土壤微生物基础知识
1.1 农田土壤微生物概述
1.2 土壤微生物的生态位
1.3 微生物对农田生态系统的重要性
第2章 农田土壤微生物的生态作用
2.1 农田土壤细菌的生态作用
2.2 农田土壤真菌的生态作用
2.3 农田土壤真菌-细菌之间的相互作用
第二部分 土壤微生物生态学实验技术
第3章 土壤样品的采集和处理
3.1 土壤样品的采集
3.2 土壤样品的处理和储存
第4章 土壤微生物的分离、培养和保藏
4.1 培养基制备
4.2 微生物的分离和培养方法
4.3 微生物的保藏
第5章 土壤微生物数量和生物量的测定
5.1 土壤微生物直接计数法
5.2 土壤微生物活菌测数法
第6章 土壤微生物的分类鉴定
6.1 普通光学显微镜的使用技术
6.2 细菌形态学观察
6.3 放线菌形态学观察
6.4 酵母菌形态学观察
6.5 霉菌形态学观察
6.6 生物化学反应法鉴定
6.7 核酸序列结构在微生物物种鉴定中的应用
6.8 微生物种类的自动化鉴定
第7章 农田土壤养分测定实验
7.1 农田土壤有机质测定实验(重铬酸钾_热容量法)
7.2 农田土壤全氮测定实验(重铬酸钾-硫酸消化法+半微量开氏蒸馏法)
7.3 农田土壤铵态氦测定实验(2molL KCI浸提-蒸馏法)
7.4 农田土壤硝态氨测定实验(酚二磺酸比色法)
7.5 农田土壤全磷测定实验(硫酸-高氯酸消煮+钼锑抗比色法)
7.6 农田土壤速效磷测定实验(碳酸氢钠浸提+钼锑抗比色法)
7.7 农田土壤全钾测定实验(Na2CO3熔融-火焰光度计法)
7.8 农田土壤速效钾测定实验(醋酸铵-火焰光度计法)
第8章 农田土壤酶活性测定实验
8.1 农田土壤脲酶活性测定实验
8.2 农田土壤磷酸酶活性测定实验
8.3 农田土壤蛋白酶活性测定实验
8.4 农田土壤蔗糖酶活性测定实验
8.5 农田土壤过氧化氢酶活性测定实验
第9章 分子生物学技术在农田微生物研究中的应用
9.1 土壤总DNA提取
9.2 土壤微生物DNA的PCR和qPCR扩增
第三部分 土壤微生物群落研究分析过程
第10章 美国国家生物技术信息中心网站相关应用
10.1 美国国家生物技术信息中心简介
10.2 NCBI数据库和软件
10.3 BLAST 序列比对
10.4 NCBI上传原始数据
第11章 Linux系统入门及编程基础
11.1 Linux系统概述及Ubuntu子系统安装方法
11.2 Linux系统实战安装教程
11.3 文件和目录基本操作命令
第12章 尺语言入门及编程基础
12.1 R语言概述
12.2 R和RStusio安装教程以及开发环境
12.3 使用R命令的基础知识
第13章 微生物群落研究分析
13.1 微生物群落研究的重要性
13.2 微生物群落研究整体思路
13.3 微生物群落研究的主要分析方法
附录
附录1 微生物实验室安全须知
附录2 微生物实验室无菌、安全和急救知识
附录3 微生物实验室常用器皿
附录4 微生物实验室相关仪器的使用
附录5 微生物实验室常见培养基
附录6 微生物实验室常用染色液配制
参考文献