本书主要通过调查南海西沙群岛22个岛礁和7个沙洲珊瑚礁海域的珊瑚礁鱼类，采集到的不同种类的110多尾鱼，从形态学方面和分子生物学方面进行种类鉴定，共鉴定了2纲12目80余种，并拍摄清晰的照片。并对每一种鱼的形态指标和线粒体COI（DNA barcoding）序列，为种类鉴定提供有效的方法及可靠的依据。鱼类物种鉴定的形态学分类方法，主要通过测量分节特征、体型特征和解剖学特征进行鉴定，分析外部形态特征十分相似的近缘鱼类方面具有一定局限性。随着分子生物学技术的应用和发展，DNA条形码技术在鱼类物种鉴定中最早获得应用，重点解决传统形态学方法无法鉴别的难题，发现或纠正传统分类学中隐含的错误，逐渐广泛应用于鱼类分类研究。传统分类学方法与DNA条形码技术相结合，可以快速、准确的对物种进行鉴定和分类，为有效保护鱼类资源多样性提供科学依据。

鲈形目 Perciformes
粗唇副绯鲤 Parupeneus crassilabris
多带副绯鲤 Parupeneus multifasciatus
头带副绯鲤 Parupeneus cyclostomus
金带拟羊鱼 Mulloidichthysflavolineatus
长头马鹦嘴鱼 Hipposcaruslongiceps
黄鞍鹦嘴鱼 Scarus oviceps
蓝头绿鹦嘴鱼 Chlorurus sordidus
许氏鹦嘴鱼 Scarus schlegeli
绿唇鹦嘴鱼 Scarusprasiognathos
新月鹦嘴鱼 Scarusfestivus
颊吻鼻鱼 Naso lituratus
短吻鼻鱼 Naso brevirostris
绿尾唇鱼 Cheilinus chlorourus
横带唇鱼 Cheilinusfasciatus
白面刺尾鱼 Acanthurusnigricans
橙斑刺尾鱼 Acanthurus olivaceus
日本刺尾鱼Acanthurusjaponicus
栉齿刺尾鱼 Ctenochaetus striatus
纵带刺尾鱼 Acanthurus lineatus
红尾蝴蝶鱼 Chaetodonxanthurus
雷氏蝴蝶鱼 Chaetodon rafftesii
贡氏蝴蝶鱼 Chaetodonguentheri
多鳞霞蝶鱼 Hemitaurichthyspolylepis
鞭蝴蝶鱼 Chaetodon ephippium
叉纹蝴蝶鱼 Chaetodonauripes
川纹蝴蝶鱼 Chaetodon trifascial
新月蝴蝶鱼 Chaetodon lunula
红鳍裸颊鲷 Lethrinus haematopterus
小牙裸颊鲷 Lethrinus microdon
隆背笛鲷 Lutjanusgibbus
四带笛鲷 Lutjanuskasmira
褐色天竺鲷 Nectamiafusca
金带天竺鲷 Ostorhinchus cyanosoma
条斑胡椒鲷 Plectorhinchus vittatus
单列齿鲷 Monotaxisgrandocul
焦黄笛鲷 Lutjanusfulvus
安汶雀鲷 Pomacentrus amboinensis
宅泥鱼 Dascyllusaruanus
双斑光鳃鱼 Chromis margaritifep
白条双锯鱼 Amphiprionfrenatus
网纹宅泥鱼 Dascyllus reticulatus
黑带椒雀鲷 Plectroglyphidodon dickii
黑带鳞鳍梅鲷 Pterocaesio tile
太平洋拟鲈 Parapercispacifica
尾纹九棘鲈 Cephalopholis urodelus
斑点九棘鲈 Cephalopholis argus
蜂巢石斑鱼 Epinephelusmerra
大口线塘鳢 Nemateleotris magnifica
黄镊口鱼 Forcipigerflavissimus
金口马夫鱼 Heniochus chrysostomus
细纹凤鲥 Salariasfasciatus
三斑海猪鱼 Halichoeres trimaculatus
双带普提鱼 Bodianus bilunulatus
三点阿波鱼 Apolemichthys trimaculatus
珠点刺尻鱼 Centropyge vrolikii
长鳍篮子鱼 Siganus canaliculatus
短鳍□（特殊字体） Kyphosus lembus
珍鲹 Caranx ignobilis
鲔 Euthynnusaffinis
副□（特殊字体） Paracirrhites arcalus
镰鱼 Zanclus cornutus
鲀形目 Tetraodontiformes
锯尾副革鲀 Paraluteresprionurus
黄鳍多棘鳞鲀 Sufflamen chrysopterum
褐拟鳞鲀 Balistoides viridescens
黄鳍多棘鳞鲑 Sufflamen chrysopterum
黑边角鳞鲀 Melichthys vidua
粒突箱鲀 Ostracion cubicus
白斑箱鲀 Ostracion meleagris
棘尾前孔鲀 Cantherhines dumerilii
尾棘鲀 Amanses scopas
密斑刺鲀 Diodon hysmx
金眼鲷目 Beryciformes
尾斑棘鳞鱼 Sargocentron caudimaculatum
黑鳍棘鳞鱼 Sargocentron diadema
大鳞锯鳞鱼 Myripristis berndti
仙女鱼目 Aulopiformes
细蛇鲻 Sauridagracilis
海龙鱼目 Syngnathiformes
中华管口鱼 Aulostomus chinensis
鳗鲡目 Anguilliformes
宽带裸胸鳝 Gymnothorax rueppellii
斑点裸胸鳝 Gymnothorax meleagris
波纹裸胸鳝 Gymnothorax undulatus
多带蛇鳝 Echidnapolyzona
鲉形目 Scorpaeniformes
辐纹蓑鲉 Pterois radiata
触须蓑鲉 Pterois antennata
斑鳍蓑鲉 Pterois volitans
颌针鱼目 Beloniformes
横带扁颌针鱼 Ablennes hians