图字：01-2020-6662号表观遗传作为与基因组序列无关的基因组功能调控重要途径，是后基因组时代生命科学的研究热点。本书内容包括表观遗传学概念的历史演变、组蛋白的进化、DNA和组蛋白修饰的写入器/擦除器/阅读器的种类/功能/结构、组蛋白变体的种类/结构/功能、多梳蛋白和Trithorax家族蛋白的功能、核小体重塑复合体组成和功能、非编码RNA种类/生物合成/功能、三维基因组学的研究方法与功能，以及不同生物体包括动物、植物、酵母、脉胞菌、纤毛虫、线虫、果蝇的表观遗传学以及特殊组织细胞包括多能干细胞、免疫细胞、癌细胞的表观遗传学。
本书既可以作为表观遗传学领域的入门读物，又可以作为人类、动物、植物、昆虫和微生物等专业科研人员的理论基础读物。另外，本书还适合作为本科生和研究生的教学参考书Originally published in English as Epigenetics, Second EditionEdited by C. David Allis, Marie-Laure Caparros, Thomas Jenuwein, Danny ReinbergAssociate Editor Monika Lachlan2015 by Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York,USA2023 by Science Press. Printed in China.Authorized Simplified Chinese translation of the English edition2015 Cold Spring HarborLaboratory Press. This translation is published and sold by permission of Cold Spring HarborLaboratory Press, the owner of all rights and/or legal authority to license, publish and sell thesame.

目录第1章 表观遗传学简史 11.1 引言 11.2 来自遗传学和发育生物学的线索 21.3 DNA在一个生物体的所有体细胞中都是相同的 31.4 DNA甲基化的作用 41.5 染色质的作用 41.6 所有机制都是相互关联的 7致谢 7第2章 下一代：年轻科学家在表观遗传学研究中令人振奋的新发现 82.1 组蛋白去甲基化酶的发现 102.2 细胞重编程 122.3 lncRNA：将RNA与染色质相连接 142.4 增强子RNA：一类在增强子处合成的长链非编码RNA 16致谢 182.5 表观遗传学拓展：基因组DNA中胞嘧啶的新修饰 182.6 植物可移动小RNA 212.7 CpG岛染色质是通过CxxC类锌指蛋白的招募而形成的 242.8 用于癌症治疗的布罗莫结构域和超末端结构域抑制剂：染色质结构的化学调节 262.9 含布罗莫结构域蛋白在炎症反应中的药理抑制作用 282.10 儿童脑瘤中的组蛋白H3突变 312.11 染色体折叠是表观遗传状态的“驾驶员”还是“乘客”？ 33致谢 35第3章 概述和概念 363.1 遗传学与表观遗传学 383.2 研究表观遗传学的模型系统 403.3 表观遗传学的定义 423.4 染色质模板 443.5 组蛋白修饰：写入器和擦除器 443.6 组蛋白阅读器和染色质重塑因子 483.7 组蛋白变体 493.8 组蛋白修饰的生物学效应 503.9 染色质的高阶组织 553.10 DNA甲基化 583.11 RNAi和RNA介导的基因沉默 603.12 常染色质与异染色质的区别 623.13 从单细胞到多细胞系统 653.14 表观基因组参考图 663.15 扩展的基因概念和非编码RNA 693.16 Polycomb和Trithorax 713.17 X染色体失活和兼性异染色质 753.18 细胞命运重编程 773.19 癌症和表观遗传治疗 793.20 人类疾病的表观遗传因素 813.21 代谢和环境的表观遗传应答 843.22 表观遗传的遗传 873.23 表观遗传调控到底有什么功能？ 903.24 表观遗传研究中涉及的重大问题 91网络资源 93第4章 组蛋白乙酰化的写入器和阅读器：结构、机制和抑制 944.1 组蛋白的写入器、擦除器和阅读器介绍 954.2 组蛋白乙酰转移酶 964.3 乙酰赖氨酸阅读器 1064.4 展望 114致谢 114第5章 组蛋白乙酰化擦除器：组蛋白
去乙酰化酶 1155.1 引言 1165.2 HDAC家族和分类：2个家族和4个类别 1175.3 催化机理和结构 1205.4 HDAC的底物 1245.5 HDAC活性的调节 1265.6 HDAC的生物学重要性 1295.7 抑制剂 1325.8 总结 137第6章 DNA和组蛋白甲基化的结构和功能协调 1386.1 组蛋白甲基化和去甲基化 1396.2DNA甲基化 1476.3 DNA甲基化与组蛋白修饰之间的相互作用 1506.4 总结 155致谢 156第7章 组蛋白表观遗传标记和DNA甲基化标记读取的结构解析 1577.1 引言 1587.2 通过PHD指和BAH模块读取Kme标记 1617.3 通过单个Royal家族模块读取Kme标记1657.4 通过串联Royal家族模块读取Kme标记1677.5 通过组合和配对模块读取Kme标记 1717.6 通过Tudor模块读取甲基化精氨酸标记 1737.7 未修饰赖氨酸标记的读取 1757.8 未修饰精氨酸标记的读取 1767.9 肽水平上通过连锁结合模块的多价读取1787.10 核小体水平通过连锁结合模块的多价读取 1827.11 PHD-bromo盒的非染色质功能角色 1827.12 组蛋白标记间的互作 1837.13 组蛋白类似物 1867.14 DNA上全甲基化5mCpG位点的读取 1877.15 DNA上半甲基化5mCpG位点的读取 1907.16 展望与未来挑战 192致谢 198第8章 酿酒酵母的表观遗传学 1998.1 酵母的遗传和分子工具 2008.2 酵母的生命周期 2038.3 酵母异染色质存在于沉默的HM交配位点和端粒之中 2058.4 Sir蛋白质结构与进化保守性 2068.5 沉默染色质是一种在整个结构域中扩散的抑制性结构2088.6 异染色质组装的不同步骤 2098.7 组蛋白H4K16乙酰化及其被 Sir2 去乙酰化的关键作用 2128.8 屏障功能：组蛋白修饰限制Sir复合体扩散2138.9 H3氨基末端尾巴在高阶染色质结构中的作用 2148.10 端粒的反式相互作用和异染色质的核周缘附着 2158.11 端粒环化 2178.12 天然亚端粒结构域的可变抑制 2178.13 表观遗传状态的遗传 2188.14 Sir蛋白和沉默染色质的其他功能 2198.15 总结 222第9章 粟酒裂殖酵母染色质状态的表观调控 2239.
1 粟酒裂殖酵母的生命周期 2249.2 异染色质组分的筛选 2269.3 不同类型的异染色质 2279.4 粟酒裂殖酵母的着丝粒：研究异染色质的范例2289.5 粟酒裂殖酵母着丝粒染色质结构域和动粒2349.6 其他沉默区的异染色质形成 2389.7 粟酒裂殖酵母的核小体重塑 2409.8 粟酒裂殖酵母的细胞核装配 2409.9 粟酒裂殖酵母的基因组和表观基因组2429.10 总结 243致谢 243第10章 粗糙脉孢菌：一个用于表观遗传学研究的模型系统 24410.1 粗糙脉孢菌：有机体的历史和特征 24510.2 脉孢菌DNA甲基化 24710.3 RIP—一个同时具有遗传和表观遗传学方面的基因组防御系统 24910.4 对RIP遗留痕迹的研究为DNA甲基化的调控提供了见解 24910.5 组蛋白H3K27甲基化 25310.6 抑制 25310.7 减数分裂沉默 25510.8 RIP、抑制和减数分裂沉默的可能功能和实际用途 25810.9 总结 259致谢 259第11章 纤毛虫的表观遗传学 26011.1 纤毛虫：具有两个不同基因组的单细胞 26211.2 接合：生殖系和体细胞基因组的分化 26311.3 大核和微核：活性与