本书系统介绍了猪遗传改良中基因组选择所涉及的统计模型、信息技术、软件平台等基本理论、方法及其在应用中的主要环节。全书共分13章，第1章为导论，第2～8章重点介绍猪基因组选择的基本原理，第9～11章介绍开展基因组选择的三大环节——表型组测定、基因组检测、信息化体系，第12～13章介绍联合育种体系建设和利用基因组选择平台选种选配。本书具有先进性、实践性、实用性等特点，可作为科研人员、企业技术人员、畜牧行政人员及政府管理人员的参考书。

第1章 导论
1.1 选择的基本原理
1.1.1 繁育生产体系
1.1.2 选种、选配流程
1.1.3 育种值的概念
1.1.4 选择反应
1.2 育种值的传统估计
1.2.1 单性状
1.2.2 多性状
1.3 最优线性无偏预测
1.3.1 基本原理
1.3.2 模型偏差
1.3.3 实际应用
1.4 标记辅助选择与基因组选择
1.4.1 标记辅助选择
1.4.2 基因组选择
1.5 全国生猪遗传改良计划
1.5.12 009-2020计划
1.5.22 021-2035计划
第2章 最优线性无偏预测
2.1 单性状BLUP模型
2.1.1 模型方法
2.1.2 数据演示
2.1.3 程序代码
2.2 多性状BLUP模型
2.2.1 模型方法
2.2.2 数据演示
2.2.3 程序代码
2.3 纵向数据随机回归模型
2.3.1 模型方法
2.3.2 数据演示
2.3.3 程序代码
第3章 贝叶斯基因组预测
3.1 基因组选择
3.2 贝叶斯方法
3.2.1 模型
3.2.2 BayesA
3.2.3 BayesB
3.2.4 BayesC
3.2.5 Bayes Lasso
3.3 案例演示
3.3.1 数据
3.3.2 使用代码
3.3.3 结果分析
第4章 基因组最优线性无偏预测
4.1 GBLUP原理
4.1.1 最小二乘法
4.1.2 SNP-BLUP
4.1.3 GBLUP
4.2 基因组亲缘关系矩阵的构建方法
4.2.1 VanRaden法
4.2.2 赋权法
4.3 考虑显性效应的模型
4.4 多性状模型
4.5 GBLUP的应用
4.5.1 模拟数据
4.5.2 基因组预测
第5章 一步法基因组预测
5.1 ssGBLUP原理
5.2 G矩阵与A矩阵的兼容性
5.3 一步贝叶斯回归法(ssBR)
5.4 多性状模型
5.5 多群体ssGBLUP
5.6 一步法在猪基因组选择中的应用
5.7 基因组选择准确性及其影响因素
5.7.1 基因组选择准确性的衡量指标
5.7.2 影响基因组选择准确性的因素
第6章 基于机器学习的基因组预测
6.1 算法模型
6.1.1 人工神经网络
6.1.2 决策树
6.1.3 集成学习算法
6.1.4 SVM
6.2 案例演示
6.3 程序代码
第7章 兼顾杂种与遗传义环境互作的基因组预测
7.1 兼顾杂种与纯种的预测模式
7.1.1 基于BLUP的兼顾杂种的预测方法
7.1.2 兼顾杂种的基因组选择方法
7.2 兼顾遗传与环境互作的基因组选择
7.2.1 遗传与环境互作对我国养猪业的影响
7.2.2 互作模型
7.2.3 多性状模型
7.2.4 反应规范模型
7.3 实例演示
7.3.1 兼顾杂种的基因组选择
7.3.2 兼顾遗传与环境互作的基因组选择
第8章 选种与选配
8.1 选种
8.1.1 最佳贡献选择法
8.1.2 最优单倍体值法
8.1.3 最优群体值法
8.1.4 前赡选择法
8.2 选配
第9章 表型组测定
9.1 围绕育种目标的表型性状
9.1.1 繁殖性状
9.1.2 生长性状
9.1.3 胴体与肉质性状
9.1.4 健康性状
9.1.5 体型性状
9.2 各国表型组测定方案
9.2.1 中国生猪育种改良体系
9.2.2 美国国家种猪登记协会
9.2.3 加拿大生猪改良中心
9.2.4 丹育公司
9.2.5 PIC
9.2.6 加拿大加裕公司
9.2.7 海波尔公司
9.2.8 Nucleus种猪基因公司
9.3 基因组时代的表型组学
9.3.1 新性状和可重新审视的标准性状
9.3.2 高维问题
9.3.3 发展方向
9.4 我国猪育种表型组发展方向
第10章 基因组检测
10.1 第三代分子标记
10.2 SNP检测平台
10.2.1 SNP芯片
10.2.2 测序技术
10.2.3 全基因组测序
10.2.4 简化基因组测序
10.3 缺失基因型填补
10.3.1 单倍型定相
10.3.2 基因型填补
10.4 基因组检测最优方案
10.4.1 现有检测方法的优劣势
10.4.2 基因组检测新方法
第11章 信息化体系
11.1 个体号标识及高效识别
11.2 表型组数据高效收集
11.2.1 繁殖性状
11.2.2 生长性状
11.2.3 胸体与肉质性状
11.2.4 健康性状与环境数据监测
11.2.5 体型外貌
11.3 基因组数据处理规范
11.3.1 原始测序数据质量评估与过滤
11.3.2 去重(demultiplex)与文库质量评估
11.3.3 测序数据到参考基因组的比对
第12章 联合育种
12.1 联合方式
12.1.1 繁育体系结构
12.1.2 大白猪的联合育种模式
12.1.3 长白猪的联合育种模式
12.1.4 社洛克猪的联合育种模式
12.1.5 种猪繁育区域布局
12.2 基于基因组的跨场亲缘关系矩阵
12.2.1 直接构建
12.2.2 兼顾各群休遗传结构的构建方法
12.3 多群体基因组选择
12.3.1 多性状、单一亲缘关系矩阵模型
12.3.2 多性状、双亲缘关系矩阵模型
12.4 实例演示
12.4.1 利用PyAGH软件构建多群体亲缘关系矩阵