本教材是一本全面介绍蛋白质组信息学领域的教材，旨在向读者介绍蛋白质组信息学的基本概念和技术，同时紧密跟踪国际、国内在蛋白质组信息学领域的发展，让读者了解该领域的前沿信息，并掌握相关知识。本教材分为四篇，共十七章。第一篇介绍了蛋白质组信息学的基础知识，包括蛋白质组和信息学的基本概念及二者之间的关系、蛋白质组学中的实验方法和应用、蛋白质芯片技术及相关数据分析。第二篇侧重于蛋白质组的功能，包括蛋白质亚细胞定位、分泌蛋白质和膜蛋白、糖蛋白和糖修饰、蛋白质修饰等方面的信息学。第三篇关注蛋白质相互作用和演化，包括蛋白质相互作用的计算与分析、结构蛋白质组学和新基因起源与蛋白质组演化信息学。第四篇为蛋白质组学的应用，包括噬菌体展示技术及其在蛋白质组学中的应用、基于蛋白质组学的药物设计、固有无序蛋白质组信息学、蛋白质组大数据和深度学习以及蛋白质受体配体结构、功能与信息学。
本教材不仅适用于生物信息学、医学信息学等相关专业的本科生和研究生，医学、农学、生物工程等专业人士也可把本教材当作参考书使用。

第一篇 蛋白质组信息学的基础知识
第一章 蛋白质组与信息学
第一节 蛋白质组和蛋白质组学
第二节 蛋白质组学研究的意义
第三节 如何研究蛋白质组学？
第四节 蛋白质组学应用实例
第五节 蛋白质的功能
第六节 蛋白质组中的信息学
第七节 人类蛋白质组学研究标准化计划
第八节 蛋白质组学发展趋势
第二章 蛋白质组学实验方法和应用
第一节 蛋白质组学实验方法
第二节 蛋白质组学定量分析方法
第三节 蛋白质组学应用
第三章 标准、本体与蛋白质组数据分析
第一节 本体的介绍
第二节 蛋白质相关本体介绍
第三节 本体与蛋白质组数据分析
第四章 蛋白质芯片
第一节 蛋白质芯片基础
第二节 蛋白质芯片应用
第二篇 蛋白质组的功能
第五章 蛋白质亚细胞定位的信息学
第一节 蛋白质亚细胞定位及其生物学意义
第二节 蛋白质亚细胞定位的数据资源
第三节 蛋白质亚细胞定位预测的算法、工具和应用
第四节 蛋白质亚细胞定位信息学未来发展
第六章 分泌蛋白质和膜蛋白的信息学
第一节 分泌蛋白质概述
第二节 分泌蛋白质预测
第三节 信号肽剪切位点预测
第四节 分泌蛋白质数据库
第五节 膜蛋白概述
第六节 跨膜螺旋拓扑预测
第七节 β桶状跨膜蛋白拓扑预测
第八节 预测方法评价
第九节 膜蛋白数据库
第七章 糖蛋白和糖修饰的生物信息学
第一节 蛋白糖基化
第二节 聚糖制备和分析方法
第三节 糖基化位点预测及鉴定
第四节 带有聚糖完整糖肽分析
第五节 糖蛋白位点的分析
第六节 糖蛋白技术发展和未来趋势
第八章 酰基化、甲基化和磷酸化等翻译后修饰的信息学分析
第一节 蛋白质翻译后修饰简介
第二节 酰基化、甲基化和磷酸化等研究背景简介
第三节 酰基化、甲基化和磷酸化等位点分析
第四节 酰基化、甲基化和磷酸化等位点预测
第九章 新型组蛋白赖氨酸修饰的信息学
第一节 新型组蛋白赖氨酸修饰简介
第二节 琥珀酰化修饰
第三节 巴豆酰化修饰
第四节 丙二酰化修饰
第五节 戊二酰化修饰
第六节 其他新型赖氨酸修饰类型
第七节 新型组蛋白赖氨酸修饰的生物信息学方法
第八节 小结与展望
第三篇 蛋白质相互作用和演化
第十章 蛋白质相互作用的计算与分析
第一节 蛋白质相互作用的概念
第二节 蛋白质相互作用的鉴定
第三节 蛋白质互作网络的构建与分析
第四节 蛋白质互作网络的生物信息学应用
第五节 本章小结
第十一章 结构蛋白质组学：算法与模型
第一节 结构蛋白质组学介绍
第二节 结构蛋白质组学数据库
第三节 基于高通量数据的蛋白质相互作用结构预测算法
第四节 蛋白质组的结构建模
第五节 蛋白质组的动力学模型
第六节 结语
第十二章 新基因起源与蛋白质组演化信息学
第一节 蛋白质多样性的来源——新基因
第二节 蛋白质组功能演化和网络演化
第三节 演化的选择驱动力
第四篇 蛋白质组学的应用
第十三章 噬菌体展示技术及其在蛋白质组学中的应用
第一节 噬菌体及其对生物医学领域的影响
第二节 噬菌体展示技术及其应用
第三节 噬菌体展示技术的蛋白质组学应用
第四节 噬菌体展示相关生物信息学研究
第五节 小结
第十四章 基于蛋白质组学的药物设计
第一节 药物发现
第二节 蛋白质组学与药物发现
第三节 基于蛋白质组学数据的网络药理学
第四节 靶向蛋白质–蛋白质相互作用的药物设计
第五节 靶向翻译后修饰的药物设计
第六节 小结
第十五章 固有无序蛋白质组信息学
第一节 固有无序蛋白质简介
第二节 固有无序蛋白质的数据库及预测软件
第三节 固有无序蛋白质的功能预测
第十六章 蛋白质组大数据和深度学习
第一节 基于质谱的高通量蛋白质组学
第二节 蛋白质组大数据的产生
第三节 蛋白质组数据的格式
第四节 蛋白质组大数据的深度学习应用
第五节 小结
第十七章 蛋白质受体配体结构、功能与信息学
第一节 蛋白质受体配体简介
第二节 蛋白质受体配体数据库
第三节 蛋白质受体配体相互作用预测
第四节 蛋白质受体配体结构预测
参考文献