本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R软件包操作系统发育树的全套流程，包括对树文件的解析，以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。
本书由余光创撰写，旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。如果读者需要进行系统发育树的相关操作，却又觉得无从下手，那么这本书会提供很大的帮助。关于系统发育树的大部分问题，都能在本书中找到答案。

余光创，毕业于香港大学公共卫生学院，获得生物信息学博士学位。南方医科大学基础医学院教授，现任生物信息学系系主任。连续两年（2020-2021）入选爱思唯尔“中国高被引学者”，入选全球前2%顶尖科学家榜单“年度科学影响力”排行榜（2020-2022）和“终身科学影响力”排行榜（2021-2022）。

第1篇 树数据的输入/输出及操作
第1章 导入带有数据的树文件
1.1 系统发育树构建概述
1.2 系统发育树文件格式
1.2.1 Newick树文件
1.2.2 NEXUS格式
1.2.3 NHX格式
1.2.4 Jplace格式
1.2.5 利用软件输出文件
1.3 使用treeio导入树及相关数据
1.3.1 treeio简介
1.3.2 treeio解析函数演示
1.3.3 将其他树形对象转换为phylo对象或treedata对象
1.3.4 从treedata对象中获取信息
1.4 总结
1.5 本章练习题
参考文献
第2章 操作含有关联数据的树
2.1 使用tidy接口操作树数据
2.1.1 phylo对象
2.1.2 treedata对象
2.1.3 访问相关节点
2.2 数据整合
2.2.1 整合树数据
2.2.2 将外部数据关联到系统发育树
2.2.3 对分类单元进行分组
2.3 重新设定树的根节点
2.4 重新调整分支标尺
2.5 对包含数据的树取子集
2.5.1 删除系统发育树中的叶节点
2.5.2 通过叶节点标签对树取子集
2.5.3 通过内部节点编号对树取子集
2.6 操作树数据以进行可视化
2.7 总结
2.8 本章练习题
参考文献
第3章 导出含有数据的树
3.1 简介
3.2 将树数据导出为BEAST Nexus格式的文件
3.2.1 软件输出文件的导出与转换
3.2.2 将树与外部数据结合
3.2.3 合并不同来源的树数据
3.3 将树数据导出为jtree格式的文件
3.4 总结
3.5 本章练习题
参考文献
第2篇 树数据的可视化及注释
第3篇 ggtree拓展包
第4篇 杂项
附录A 常见问题
附录B 相关工具
附录C 练习题答案