本书是“面向21世纪课程教材”《环境工程微生物学》的第五版，是环境工程专业核心课程教材。全书共分三篇，第一篇为微生物学基础，介绍非细胞结构的超微生物病毒，包括病毒的分类与命名、个体的特殊结构、遗传物质、繁殖方式、遗传变异及其致病性等；病毒的传播、危害、对策与应用；具有细胞结构微生物的个体、群体特征及特征识别，生理生化特性，生长特征；对环境工程极有意义的古菌、极端环境微生物；分子生物学、遗传变异和分子遗传学基本原理；现代分子生物学、分子遗传学技术在环境保护与环境工程中的应用。
第二篇为微生物生态与环境生态工程中的微生物作用，介绍在环境工程中各种生物处理方法的微生物机理，重点介绍关于水体富营养化的有机物降解、硝化、反硝化、脱氨、除磷机理新概念和新工艺选择；应用微生物学的基础知识分析和解决工程中发现的问题；介绍固定化微生物、微生物絮凝剂、沉淀剂及微生物能源的开发与应用。
第三篇为环境工程微生物学实验，其内容紧密配合课程教学，同步进行，反映基础性、可操作性、综合性和实用性。
全书体现理论与实践相结合，及时反映和应用前沿边缘学科的新技术，内容丰富、图文并茂，是高等学校的环境科学、环境工程和给排水科学与工程等专业的教材，也可作为微生物学专业的学生及科研人员的参考书。

绪论
第一节 环境问题与微生物的作用
第二节 环境工程微生物学的研究对象和任务
一、环境工程微生物学的研究对象
二、环境工程微生物学的研究任务
第三节 微生物的概述
一、具细胞结构微生物的分类和命名
二、非细胞结构微生物的分类和命名
三、原核微生物与真核微生物
四、微生物的特点
第四节 微生物与人类安全
一、致病生物因子
二、珍惜人的生命，反对制造、使用生物武器
三、正确使用生物资源和转基因技术
思考题
第一篇 微生物学基础
第一章 非细胞结构的超微生物——病毒
第一节 病毒的一般特征及其分类
一、病毒的特点
二、病毒的分类
三、类病毒和朊病毒
第二节 病毒的形态和结构
一、病毒的形态和大小
二、病毒的化学组成及结构
第三节 病毒的繁殖
一、病毒的繁殖过程
二、噬菌体的溶原性
第四节 病毒的测定与培养
一、病毒的测定
二、病毒的培养特征
三、病毒的培养基
四、病毒的培养
第五节 病毒对物理、化学因素和抗生素的抵抗力及污水处理过程对病毒的去除效果
一、病毒对物理因素的抵抗力
二、病毒对化学因素的抵抗力
三、病毒对抗生素的抵抗力
四、病毒的存活时间和污水处理过程对病毒的去除效果
第六节 病毒的危害、对策与应用
一、病毒的危害与对策
二、病毒的应用
思考题
第二章 原核微生物
第一节 古菌域
一、古菌的特点
二、古菌的分类
三、环境保护和环境工程领域研究古菌的意义
第二节 细菌域
一、细菌的形态与大小
二、细菌的细胞结构
三、细菌的培养特征
四、细菌的物理化学特性
五、细菌的物理化学性质与污(废)水生物处理的关系
第三节 蓝细菌
一、蓝细菌的形态与大小
二、蓝细菌的细胞结构及其功能
三、蓝细菌的繁殖
四、蓝细菌的生境
五、蓝细菌的代谢
六、蓝细菌的分类
七、蓝细菌与人类及环境的关系
第四节 放线菌
一、放线菌的形态、大小和结构
……
第二篇 微生物生态与环境生态工程中的微生物作用
第三篇 环境工程微生物学实验
附录
主要参考文献