大约在二十七亿年前，地球上还没有其他生命体，微生物家族主宰着地球，有一种叫作古菌的微生物与我们所熟知的细菌共生在地球上。
经历上一次大战后，甲甲、热热、盐盐三只古菌决定跟随陈博士继续它们的冒险。在与陈博士及其他微生物专家的科学考察过程中，古菌三兄弟结识了帮助人类净化污水的碱杆菌，协助人类合成青霉素的青霉菌等生活在人类农业生产、工业制造等人类社会各个领域的有益微生物，三兄弟见识了它们对抗有害微生物的全过程，并听从讲解学习了它们与人类共同成长的历史。随后，科学考察深入南极地区，古菌三兄弟再次发现了适合定居的场所，是继续跟随科考冒险，还是在此驻足安心修养？

维生素
氨基酸
有机酸
酶制剂
勘测小能手
采油小帮手
冶金专业户
醋坛子
发酵酸奶
酿造酱油
细菌生化农药
细菌肥料
污水净化精灵
土壤修复大师
衣物清洁
细菌塑料
细菌砖头
超强黏力胶
生物能源——沼气
生物能源——氢气
生物能源——乙醇
生物柴油
生物电能
胰岛素制造者
对抗肿瘤的细菌
银离子杀菌
铜抗菌
神奇的艾草
抗菌药物的出现——磺胺
抗生素的故事——青霉素
白色瘟疫——链霉素
制造抗生素的高手
细菌的防御堡垒
堡垒的崩塌
一击即中
斩草除根
细菌中的战斗菌
对症下药
寻找新的抗菌微生物
回归大海