大约在二十七亿年前，地球上还没有其他生命体，微生物家族主宰着地球，有一种叫作古菌的微生物与我们所熟知的细菌共生在地球上。
经历上一次大战后，甲甲、热热、盐盐三只古菌决定跟随陈博士继续它们的冒险。在与陈博士及其他微生物专家的科学考察过程中，古菌三兄弟结识了帮助人类净化污水的碱杆菌，协助人类合成青霉素的青霉菌等生活在人类农业生产、工业制造等人类社会各个领域的有益微生物，三兄弟见识了它们对抗有害微生物的全过程，并听从讲解学习了它们与人类共同成长的历史。随后，科学考察深入南极地区，古菌三兄弟再次发现了适合定居的场所，是继续跟随科考冒险，还是在此驻足安心修养？
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