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软件 Oligo
分类 PC软件-MAC软件-应用程序
语言 简体中文
大小 2.20 MB
版本 7官方版
下载
介绍
    Oligo官方版是款设计行业中经常使用到饿引物设计软件。Oligo正式版主要用于核酸序列引物分析设计,可同时计算核酸序列的杂交温度(Tm)和理论预测序列二级结构。并且Oligo还具备基于最近邻热力学数据,低聚糖的搜索算法寻找最佳引物PCR,包括TaqMan、高度多路复用,共识或简并引物。
    Oligo截图
    注意事项:
    有时候在mac软件的下载安装中会遇到报错,现在小编来给大家整理较为常见的报错情况并做出解答,有遇到报错的朋友可以参考如下方案:
    1、“xxx软件已损坏,无法打开,你应该将它移到废纸篓”
    2、“打不开xxx软件,因为Apple无法检查其是否包含恶意软件
    3、“打不开...软件,因为它来自身份不明的开发者”
    解决方案如下:
    1、在自己的Mac电脑设置开启任何来源。
    2、如果开启任何来源无法解决报错的情况,则表明该应用受到苹果针对应用未签名的限制,需要通过执行命令行代码来绕过应用签名认证。 执行命令绕过ios的公证Gatekeeper
    3、如果上述两种方法都没有奏效,那么需要关闭SIP系统完整性保护
    Oligo软件功能
    1、分析TM和内部稳定性,绘制溶解温度图和稳定性图
    2、给出寡核苷酸的重要相关信息
    3、显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物,潜在的二聚物也可显示出来
    4、分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度
    5、精确地分析出生物信息软件中的错配位点
    6、正向引物和反向引物选中后,能自动产生PCR实验条件和PCR产物信息
    Oligo软件特色
    软件的体积方面还是比较的小巧
    而且使用也简单,直观的用户界面
    可以让用户更加轻松的完成对软件的操作
    也可将本地里面的文件进行添加到软件里面进行试验
    还可将功能进行快速的操作设置
    Oligo使用方法
    1、打开oligo,分别单击File——New Sequence,在打开的窗口中输入DNA序列,然后单击序列上面的勾就OK了。
    Oligo截图
    2、单击菜单栏的Search——for Primers & Probes...
    Oligo截图
    3、分别单击 Parameters 和 Ranges 设计引物的参数和范围。接下来先单击 Parameters。只需修改引物长度和Tm值的范围即可,如下方第一张图。另外因为突变位点是确定的,所以要确定下游引物的位置,如下方第二张图所示,即固定了3'端的位置(这里笔者是将突变位点处的引物作为下游引物)
    Oligo截图
    Oligo截图
    4、再单击Ranges,设计范围如下图。一般PCR产物长度250——500bp为宜。注:该突变位点在20258bp的位置。
    Oligo截图
    5、单击Search,如下方第一张图。跳出搜索结果,如下方第二张图。
    Oligo截图
    Oligo截图
    6、双击上方第二张图中搜索到的引物,跳出的窗口如下图,是该对引物的基本信息,包括上下游的位置,长度,Tm值,GC含量,分数等。
    Oligo截图
    7、单击菜单栏Edit——Reverse Primer,打开下方第一张图的界面,将3’端第三或第四位的碱基改成错配(这里是将第四位的碱基G改为A,因为这样改可以取消下游引物的发夹结构),改好后如下方第二张图。并单击第二张图菜单栏下方的勾。
    Oligo截图
    Oligo常见问题
    

    如何导入模板序列?
    可以用键盘直接输入序列。
    如果序列已经作为TXT文件存在,或其他Oligo不能直接打开的文件格式(如Word文件、HTML格式),可以在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴,Oligo会自动去除非碱基字符。
    如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA、GenBank格式,Oligo就可以直接打开序列文件。
    Oligo更新日志
    1. 优化的脚步从未停止!
    2. 更多小惊喜等你来发现~
    小编推荐:
    在经历了多次的更新与优化,Oligo变得更加的人性化,也更加的简单易操作,软件园小编亲测,推荐给大家下载,感兴趣的小伙伴还可以下载eZip、Paste、ChemDraw Professional、微信 For Mac、手绘思维导图软件iMindMap9 For Mac。
截图
随便看

 

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更新时间:2025/3/14 17:29:40